Bu dönemde Kapadokya Çevre ve Kalkınma Derneği, Nevşehir İnsan Haklarını Koruma Derneği gibi derneklerin kuruculuğunu yaptı. Parti faaliyetleri takdir topladı ve 2006 yılında yapılan Nevşehir Merkez İlçe seçimine geniş bir katılımla aday olarak gösterildi. 2006 yılında bir süredir bekleyen askerlik hizmetini ifa etmek için aktif siyasete ara verdi. Bingöl 49. Motorlu Piyade Tugay Komutanlığı bünyesinde hukuk danışmanı olarak askerlik hizmetini tamamladı. Birçok sivil platformda yer alan başta Ak Parti ve Nevşehir Barosu üyesi olan Av. Ebubekir GİZLİGİDER 2002 yılından bugüne Nevşehir Barosuna kayıtlı olarak serbest avukatlık yaptı.
2011 genel seçimlerinde aday olan GİZLİGİDER, TBMM 24. Dönem Milletvekili olarak meclise girdi. 24. Dönem AB Komisyonu , Türkiye-AB Karma Parlamento Komisyonu ve Anayasa Komisyonu Üyesi olan Gizligider aynı zamanda Türkiye Bangladeş Dostluk Grubu başkanlığını yürütmektedir. 25. Dönem AK Parti Nevşehir Milletvekili Adayı oldu. 26. Dönemde yeniden Nevşehir Milletvekili olarak Türkiye Büyük Millet Meclisi’ne girdi.